Hikaye, kötü adam Dr. Eggman'a karşı bir savaşın ardından gerçek dünyaya taşınan Sonic ve arkadaşlarının maceralarını takip ediyor. Gerçek dünyada Sonic ve arkadaşları, eve dönmenin bir yolunu bulmaya çalışırken çeşitli durumlarla karşılaşıyorlar.