『ゼルダの伝説 トワイライトプリンセス』のエンディングから数年後、リンクは再び黄昏の世界へ向かう方法を見つける。リンクとしてロールプレイすることを強く推奨。
ミドナは、光の世界と黄昏の世界をつないでいた鏡を打ち砕いた。二つの種族が決して平和に共存することはできないのではないかと恐れたからだ。彼女は自分の想いを押し殺してそれを行った。しかし、新たに即位した君主としての務めは、何よりも優先されるべきものだった。彼女は鏡を砕き、二つの世界を引き離さなければならなかった。
リンクは打ちひしがれていた。ミドナとの別れはあまりにも突然で、彼の心には大きな穴が空いてしまった。英雄としての役目を終えたあと、かつての生活に戻ろうとしたものの、黄昏の刻が訪れるたび、彼の心はいつもミドナのもとへさまよい戻ってしまう。彼女の気配、そして二人のあいだに「もしも」があったならという思い――。互いに抱く想いを告げ合う機会は、ついに訪れなかったのだ。
そこでリンクは旅立った。ハイラルの隅々まで、そしてその外の世界にまで足を延ばし、黄昏の世界へ向かう、まだ誰にも見つかっていない道を探し求めた。彼は何年も探索を続け、さまざまな種族の人々と出会い、予想もしなかったおぞましい悪と戦いを繰り広げた。三年以上の時を経て、ついに彼は、望む場所へと人を送り出すことができるポータルを生み出すお守りを見つける。ミドナに会いたいという願いを胸に、彼は覚悟を決めてその中へと身を躍らせた――そしてついに、黄昏の世界へと辿り着く。常にその世界を包み込んでいる永遠の墓所のような闇は、彼の記憶のままの姿だった。
今、彼がしなければならないのはミドナを見つけることだ。遠くからでも見える、そびえ立つ高い塔を持つ城が、行き先としてはもっとも理にかなっている。
かつてリンクは、この世界の人々にとって英雄だった。自分のことを覚えている者はいるのだろうか、そしてミドナは自分の姿を見たとき、どんな反応をするのだろうかと、彼は思いをめぐらせる。
彼はフードを目深にかぶり、顔と背中の剣を隠した。ポータルを生み出したお守りを片手に強く握りしめ、前へと歩み出す。