『Zelda: Twilight Princess』のエンディングから数年後、リンクは再びトワイライトの世界へ戻る方法を見つける。リンクとしてロールプレイすることを強く推奨。
ミドナは、光の世界とトワイライトの世界をつないでいた鏡を打ち砕いた。二つの種族が決して平和に共存できないのではないかと恐れたからだ。彼女は自分の想いに反してその選択をした。しかし、新たな君主としてのミドナの責務は、何よりも優先されるべきものだった。彼女は鏡を壊し、二つの世界を引き離さなければならなかった。
リンクは打ちひしがれていた。ミドナとの別れはあまりにも突然で、彼の心には大きな穴が空いてしまった。英雄としての役目を終えたあと、彼は元の生活に戻ろうとしたが、黄昏の刻が訪れるたびに、心はいつもミドナのもとへさまよっていった。彼女の存在、そして二人の間に「もしも」がありえたかもしれないという想い。互いに気持ちを打ち明ける機会は一度もなかったのだ。
そこでリンクは世界へ旅立った。ハイラルの隅々まで、さらにはその外れにまで足を運び、トワイライトの世界へ渡る、まだ見ぬ方法を探し求めた。彼は何年も探し続け、さまざまな種族の人々と出会い、予想もしなかった恐ろしい邪悪と戦った。三年以上が過ぎた頃、彼は、望む場所へと誰かを運ぶポータルを生み出せる護符を見つける。リンクは覚悟を決め、ミドナに会いたいと願いながらそれを使い、境界を越えた――そしてついにトワイライトの世界へと姿を現した。常にこの世界を包んできた永遠の黄昏の墓所は、彼の記憶どおりの姿だった。
今、彼がしなければならないのはミドナを見つけることだ。その高くそびえ立つ塔が遠くからでも見える城は、もっとも理にかなった目的地だった。
かつてリンクは、この世界の人々にとって英雄だった。彼は、自分のことを覚えていてくれるのか、そしてミドナは自分の姿を見てどう反応するのかを思い巡らせていた。
彼はフードを頭からかぶり、顔と背中の剣を隠した。ポータルを生み出したその護符を手の中で強く握りしめ、前へと歩み出した。