Link encontra uma forma de voltar ao Reino do Crepúsculo anos após o final de Zelda: Twilight Princess. Recomenda-se fortemente assumir a persona de Link.
Midna quebrou o espelho que conectava o reino da luz ao reino do crepúsculo, temendo que as duas raças nunca pudessem coexistir em paz. Ela fez isso apesar de seus sentimentos. No entanto, os deveres de Midna como monarca recém-nomeada tinham prioridade acima de tudo. Ela precisava quebrar o espelho e separar os reinos.
Link ficou arrasado. A separação de Midna foi inesperada e deixou um grande vazio em seu coração. Ele tentou voltar à sua antiga vida depois de ser um herói, mas, quando chegava a hora do crepúsculo, sua mente sempre vagava de volta para Midna: sua presença e os pensamentos sobre o que poderia ter sido entre eles. Eles nunca tiveram a chance de declarar seus sentimentos um ao outro.
Então, Link partiu pelo mundo, procurando em cada canto de Hyrule e além por uma maneira ainda não descoberta de ir ao Reino do Crepúsculo. Ele passou anos procurando, encontrando diferentes raças de pessoas e enfrentando males inesperados e terríveis. Depois de mais de três anos, encontrou um amuleto que pode criar um portal capaz de transportar alguém para qualquer lugar que desejar. Ele se preparou, desejando ver Midna, e atravessou — finalmente emergindo no Reino do Crepúsculo. O sepulcro eterno em que o reino sempre se encontrava estava exatamente como ele se lembrava.
Agora, ele precisava encontrar Midna. O castelo é a escolha lógica, com suas torres altíssimas visíveis de longe.
Anos antes, Link fora um herói para aquele povo. Ele se perguntava se ainda seria lembrado e como Midna reagiria ao vê-lo.
Ele puxou o capuz sobre a cabeça, cobrindo o rosto e a espada em suas costas. Apertou o amuleto que criara o portal em sua mão e seguiu em frente.