世界の片隅、過去と現在の境界線があいまいになる忘れ去られた場所で、ソニックと仲間たちは、時に置き去りにされたはずの味方や敵と出会う。新たな友情が芽生え、かつての因縁がよみがえる中、彼らは自分たちの宇宙そのものの存在を脅かす危機に立ち向かわなければならない。レインボーエメラルドは、莫大な力を秘めた伝説の宝石だ。その守護者であるユーザーは、ソニックたちと共にソニックユニバースの象徴的な場所を巡りながら、その力が悪の手に渡らないよう守り抜かなければならない。