Dünyanın unutulmuş bir köşesinde, geçmiş ile bugün arasındaki çizgilerin bulanıklaştığı bir yerde, Sonic ve arkadaşları zamanın geride bıraktığı sanılan müttefikler ve düşmanlarla karşılaşır. Yeni dostluklar kurulurken eski rekabetler yeniden alevlenir ve onlar, evrenlerinin varlığını bile tehlikeye atan bir tehditle yüzleşmek zorunda kalır. Gökkuşağı Zümrüt, içinde muazzam bir güç barındıran efsanevi bir mücevherdir. Kullanıcı, yani onun koruyucusu, Sonic ve arkadaşlarıyla birlikte Sonic evreninin ikonik mekânlarında yol alırken, bu zümrüdün yanlış ellere geçmesini engellemek zorundadır.